Le 1er février 2008, l'État partie a remis un rapport sur la gestion du bien et sur les menaces constituées par la route du lac Habema, l'exploitation minière, la collecte de bois, le braconnage, et la construction de routes. Ces problèmes ont été examinés par une mission conjointe de suivi réactif UNESCO/UICN qui a visité le bien du 26 mars au 2 avril 2008. La mission a remarqué que si certains des problèmes de conservation déjà signalés ont été soit réduits (la pollution marine) soit considérés comme non actuels (l'exploitation forestière illégale dans les forêts marécageuses de la région d'Asmat), de sérieuses menaces à la valeur universelle exceptionnelle de Lorentz ont augmenté de manière significative.
La mission a identifié trois problèmes principaux qui requièrent une priorité d'action et une attention immédiates de l'État partie: a) menaces dans la région du lac Habema; b) fonctionnement de la structure de gestion, et, c) gestion de la région des Basses terres du sud. Les recommandations détaillées et les conclusions de la mission peuvent être consultées sur Internet à l'adresse: http://whc.unesco.org/archive/2008
a) Menaces dans la région du lac Habema
La mission de suivi de 2008 réitère les observations faites par la mission de 2004 sur les conséquences des menaces pesant sur le bien. La construction non autorisée de routes dans le paysage glaciaire du lac Habema, en cours lors de la visite de la mission, est la preuve flagrante de la menace constituée par le grand programme de construction routière dans les régions alpines et montagneuses du bien. Le déclin de la forêt d'altitude Gondwana Nothofagus, mitoyenne de la route du lac Habema est le principal dommage potentiellement irréversible provoqué par la construction d'une nouvelle route près du lac Habema. La construction de cette nouvelle route est susceptible d'avoir des impacts durables, tels que l'érosion et l'assèchement de tourbières et d'un lagon perché. Seule une réhabilitation rapide et conséquente de la route empêchera que les impacts sur les fragiles caractéristiques patrimoniales environnementales de haute valeur ne se poursuivent.
Le rapport de l'État partie de 2007 faisait état d'une "Étude d'impact de l'aménagement routier" et le rapport de l'État partie de 2008 signale qu'un résumé indicatif a été établi et que des rencontres avec les différents intervenants se sont déroulées. Le rapport et les résultats de l'Étude d'impact n'ont cependant été remis ni au Centre du patrimoine mondial, ni à l'équipe de la mission qui a en outre appris qu'aucune recherche pathogène n'a été menée sur la maladie Phytophtora, susceptible d'être responsable du déclin de la forêt. La mission de 2008 a constaté avec évidence que le déclin lié à la construction routière se poursuit, tuant ainsi la forêt relique de Nothofagus.
L'absence de progrès dans la mise en œuvre de ces deux actions prioritaires, la construction de la route du lac Habema ainsi que l'étude et la gestion du déclin forestier, signalée tous les ans depuis 2004 par le Comité du patrimoine mondial, est regrettable et explique l'expansion de la menace sur le bien qui en résulte. L'État partie remarque dans son rapport que des bénéfices économiques seront tirés de l'exploitation de la route qui permettra le développement potentiel du tourisme et des revenus qu'il générera et l'accroissement de l'activité économique des résidents du bien. Les impacts négatifs sur la valeur universelle exceptionnelle et l'intégrité du bien, tels que la dégradation de l'habitat, les incendies de forêt, la coupe illégale de bois, les glissements de terrain, et, les menaces complémentaires que constituent le déclin forestier, les espèces invasives et la croissance potentielle d'activités illégales signalées précédemment par le Comité du patrimoine mondial et réaffirmées par la mission de 2008, l'emporteront cependant sur les bénéfices potentiels.
b) Fonctionnement de la structure de gestion
La construction illégale de routes est symptomatique de l'échec de la nouvelle structure de gestion en termes de protection effective du bien. Le déclin des forêts ombrophiles tempérées d'altitude de Nothofagus signalé par la mission de 2004 n'a pas été étudié. Une accentuation de ce déclin a été observée depuis 2004. L'intégrité et la valeur universelle exceptionnelle des paysages alpins et montagneux de la zone du lac Habema continuent de subir les impacts importants liés à l'absence de gestion effective sur le terrain par la structure de gestion du Parc (Balai Taman Nasional Lorentz). A défaut d'une importante et immédiate amélioration de la gestion par les autorités du Parc, de vastes zones de "valeur universelle exceptionnelle seront (davantage) dégradées ou perdues".
L'État partie a identifié plusieurs facteurs qui entravent la gestion efficace par les autorités du Parc, dont le financement, l'équipement limité dans le domaine du suivi et de la surveillance, ainsi que les ressources humaines et une expertise technique limitées. Une attention prioritaire doit être accordée par la communauté internationale à ces divers facteurs. L'Etat partie signale que le budget consacré au Parc national de Lorentz n'était que de 710.000 dollars EU en 2007, et que toutes les activités prévues n'ont pu être menées à bien. Le budget à été augmenté pour atteindre 1.000.000 de dollars EU pour l'année 2008, afin de payer les salaires des 44 employés (il est prévu que ce nombre passe à 60) et les coûts liés à la gestion de plus de 2.000.000 d'hectares. La mission a ensuite appris que tous les programmes gouvernementaux devraient être réduits d'environ 30% dans le prochain budget annuel.
c) Gestion de la région des Basses terres du sud
Les rapports des précédentes missions ont fait état d'un certain nombre de préoccupations et de problèmes, ceux-ci persistent et concernent la gestion du bien, entre autre, le bornage des limites, l'absence de finalité du plan stratégique, les impacts de l'exploitation minière, les espèces invasives (jacinthe d'eau) et la pêche illégale.
Le bornage des limites et le relevé topographique sont en cours. Le bornage au sol a désormais été réalisé sur toute l'étendue. Cependant, la carte représentant les bornes de marquage au sol n'est pas encore terminée et devrait l'être à la fin 2008. Les limites de la partie maritime du bien ne sont toujours pas physiquement délimitées, ce qui est un problème.
La mission n'a trouvé ni trace ni impact de résidus miniers dans la partie maritime du bien, et a estimé que le programme de suivi entrepris par Freeport Indonesia afin de tenir périodiquement les agences gouvernementales, dont le Ministère des forêts, informées constitue une base solide à la poursuite du suivi de la situation du bien par l'État partie.
Le Ministère de la forêt est encouragé à envisager d'accroître le suivi actuel de la partie maritime du Parc national de Lorentz, en particulier en ce qui concerne le déversement d'effluents provenant de résidus miniers.
Considérant l'urgence que représente le problème de la construction de routes - une route prétendument illégale en cours de construction lors de la visite de la mission et beaucoup d'autres en projet – la résolution de ce problème, qui constitue une grave menace pour le bien, est une priorité absolue pour la partie alpine et montagneuse du bien. De la même façon, les problèmes liés au déclin de la forêt provoqué par la construction de route doivent être résolus dans le même temps et avec la même célérité.
Le Centre du patrimoine mondial et l'UICN remarquent que de nombreuses menaces affectent l'intégrité du bien. Alors que la valeur universelle exceptionnelle du bien est en grande partie intacte, des parties importantes et vulnérables du bien pourraient perdre leur intégrité et leur valeur pourrait être détériorée ou disparaître à l'avenir, à moins qu'un niveau plus élevé de protection et de contrôle de gestion soit mis en place dans le futur immédiat. A défaut d'une intervention décisive en matière de gestion, dans un avenir immédiat, la totalité du bien se verra de plus en plus menacée. Le Centre du patrimoine mondial et l'UICN recommandent que l'inscription potentielle du bien sur la Liste du patrimoine mondial en péril soit considérée en 2010, si les recommandations prioritaires et urgentes de la mission de suivi de 2008 n'ont pas été pleinement mises en œuvre.