À sa 27e session (UNESCO, 2003), le Comité a examiné à l'impact négatif potentiel que pourrait avoir la construction de l'autoroute de Keinawa à proximité du site. Il a aussi demandé à l’État partie d'examiner attentivement le problème, en étroite concertation avec toutes les parties prenantes, en vue de préserver l'authenticité et l'intégrité du bien du patrimoine mondial. Le Comité a, en outre, demandé à l’État partie de le tenir informé de l'évolution du processus de prise de décision concernant ce projet. Ces recommandations ont été renouvelées en 2004. Dans ses rapports présentés au Centre du patrimoine mondial en 2003 et 2004, l’État partie a indiqué qu'un comité d'experts avait été créé pour examiner la proposition et que le processus régulier d'évaluation d'impact environnemental était appliqué, comprenant une vaste concertation avec les communautés concernées. Le président du comité d'experts pour la construction de la route Yamato-Kita et la participation du public a également été nommé président du groupe d'experts pour l'évaluation environnementale. L'une des options avancées par le comité d'experts est l'exécution du tronçon souterrain de l'autoroute.
En juillet 2005, le Centre du patrimoine mondial a reçu un rapport de l'ONG « Société pour la protection du site de la capitale Heijyokyo », réitérant son inquiétude quant à l'impact de l'autoroute proposée sur le bien du patrimoine mondial, y compris de ses infrastructures souterraines. Le rapport insiste en particulier sur trois points à traiter, à savoir :
a) La justification de l'aménagement de la voie rapide. Le document soutient que les statistiques concernant le nombre d'accidents et la densité du trafic qui ont justifié la nécessité de créer une voie rapide sont en réalité bien moindres, remettant ainsi en question le caractère indispensable d'un tel équipement ;
b) L'impact structurel de la solution du tunnel (l'une des options envisagées). Le creusement d'un tunnel souterrain pourrait affecter le niveau de la nappe phréatique, provoquant ainsi le tassement du sol sous les monuments historiques de Nara, dont la stabilité pourrait à son tour être compromise ;
c) L'absence d'un processus de libre consultation auquel participent la population locale et les autres acteurs concernés.
Le Centre du patrimoine mondial a envoyé ce rapport aux autorités nationales compétentes, le 16 septembre 2005, en sollicitant leurs observations. L’État partie a répondu par une lettre datée du 1er février 2006. Dans sa réponse, l’État partie répond aux trois questions soulevées par l'ONG de la manière suivante :
a) En ce qui concerne la justification de la construction de l'autoroute, l'État partie s'interroge sur la méthodologie adoptée par l'ONG pour la collecte des données chiffrées sur la densité du trafic et le nombre d'accidents, en répétant que la nouvelle infrastructure est nécessaire ;
b) L’État partie donne aussi des informations sur une éventuelle fluctuation du niveau des eaux souterraines suite à la construction de l'autoroute, en affirmant que cela n'aura aucun effet préjudiciable sur le bien du patrimoine mondial, d'après les études précises réalisées par les experts des administrations concernées ;
c) Au sujet de la consultation publique, l'État partie a confirmé que toutes les procédures juridiques habituelles ont été observées. En particulier, la documentation sur le projet a été rendue officielle à trois occasions (et sur un site Internet) et sept sondages à partir d’un questionnaire ont été faits auprès des résidents, avec un total de 4 693 réponses. Selon les informations obtenues, 79 % des résidents semblent estimer qu'il faut procéder à l'aménagement de la route au nord de la préfecture de Nara en raison de l'encombrement du trafic. Près de 4 millions de brochures et de prospectus sur le projet ont également été diffusés. Le gouvernement japonais a en outre consulté l'ONG « Société pour la protection du site de la capitale Heijyokyo » à six reprises, y compris durant les consultations publiques.
Enfin, l’État partie a confirmé que les résultats de l’Etude d'impact environnemental en préparation seront publiés dès son achèvement.
L’ICOMOS apprécie les efforts du gouvernement japonais pour clarifier la nature de l'encombrement du trafic que la nouvelle autoroute est censée régler, et étudier l’impact de la construction d'un tunnel sur la nappe phréatique selon l'itinéraire choisi. Un grand nombre de points soulevés par l'ONG et l’État partie dans leurs documents respectifs sont cependant difficiles à évaluer faute de temps et d'information. Un moyen de faciliter le débat interne indispensable pourrait être de placer le processus d’étude d'impact environnemental hors du cadre gouvernemental, en toute objectivité, par des consultants agréés.
Par ailleurs, il serait important que l'Évaluation d'impact environnemental prenne en considération les autres options concernant l'autoroute avec une analyse coûts-avantages basée sur une étude de l'impact sur le bien du patrimoine mondial.
L’ICOMOS suggère aussi à l’État partie de décrire les procédures de contrôle qu'il prévoit de mettre en place pour mesurer les fluctuations éventuelles de la nappe phréatique durant la construction du tunnel et la mise en service ultérieure de l'autoroute, ainsi que les mesures qui seraient prises en cas d'urgence au cas où les fluctuations menaceraient le bois sous la surface du bien du patrimoine mondial. L'ICOMOS demande toutefois à l’État partie de démontrer que l'option développée implique un impact potentiel minime sur le bien du patrimoine mondial de Nara et de garantir au Comité du patrimoine mondial que la valeur universelle exceptionnelle du bien n'est pas mise en péril.