Ce site inscrit en 1992 est menacé par l'expansion des activités liées au tourisme. Les faubourgs et les abords du site archéologique sont menacés par l'urbanisation et la construction de complexes hôteliers. Par ailleurs, le site archéologique est soumis aux vibrations de l'aéroport construit à sa lisière et qui reçoit déjà des avions gros porteurs, et pour lequel des travaux d'agrandissement sont envisagés.
Le Bureau a demandé au Centre du patrimoine mondial d'écrire aux autorités grecques en leur demandant de veiller à la stricte application de la loi sur les Antiquités afin de limiter les menaces que fait peser sur le site le développement touristique et notamment la construction d'hôtels dans la zone du Phytagoreion. Devant le danger que représente la croissance du trafic aérien, il leur sera demandé de ne pas procéder aux éventuels travaux d'agrandissement de l'aéroport mais plutôt de rechercher un site plus approprié.