Du 5 au 9 mai 2008, une mission conjointe Centre du patrimoine mondial / ICOMOS s'est déroulée à l'invitation de l'Etat partie, suite à une demande exprimée par le Comité du patrimoine mondial à sa 31e session (Christchurch, 2007), afin d'évaluer l'Etat de conservation du bien, les facteurs ayant des conséquences sur sa valeur universelle exceptionnelle et les progrès accomplis dans la mise en œuvre d'une évaluation d'impact du projet de développement portuaire de Malindi Ville de Pierre.
Le rapport de l'Etat partie demandé dans la décision 31 COM 7B.49 n'a été remis aux experts de la mission que lors de leur arrivée sur le bien du patrimoine mondial. Le rapport de mission précise dans les détails le contexte et les justifications données au projet de développement portuaire ainsi que les différentes étapes de ce projet depuis son début en 2004. En résumé :
a) Le projet actuel, financé par la Commission européenne, a pour but de rectifier l'échec d'un projet précédent (1989-1991) qui visait à prolonger le quai d'origine, datant de 1927, de la période coloniale britannique.
b) L'étude de faisabilité et la recommandation pour la réhabilitation du port de Malindi réalisée en février 2004 par l'Etat partie définissait deux options possibles: Option A (une dalle de béton suspendue et des piliers, semblable à ce qui existe déjà, option décrite comme la plus facilement réalisable si un assez grand pourcentage des piliers peut être réutilisé avec un impact visuel moindre) et Option B (un mur vertical sur un remblai, option moins coûteuse que l'option A mais ayant des impacts négatifs sur l'environnement marin). L'Option A a été choisie par le Gouvernement de Zanzibar.
c) Avant le début du chantier, l'étude menée par l'entrepreneur sur l'état des piliers montrait que tous devraient être remplacés et que le coût de cette Option passait de 16 à 40 millions de dollars EU.
d) Sur la base de deux études, l'une hydraulique et l'autre sur la houle et les niveaux d'eau, menées par la Commission européenne en septembre 2006 (qui a suggéré que les impacts environnementaux de l'Option B seraient mineurs) la Commission européenne a informé l'Etat partie qu'elle ne financerait que l'Option B.
e) Les autorités portuaires ont officiellement accepté cette proposition en novembre 2006, car les actions nécessaires à l'analyse de chacune des options avaient déjà causé une grosse perte de revenus pour le port depuis plus de 9 mois et une perte de confiance des usagers du port. Par ailleurs, les autorités portuaires pensaient que la Commission européenne n'accorderait pas le financement si l'Option B n'était pas choisie. Les autorités portuaires ont cependant donné leur accord sous réserve qu'une analyse de l'état initial des conditions maritimes et des impacts du projet soit menée et qu'elle soit suivie par une Etudes d'impact environnemental (EIE) et une procédure de suivi des impacts après 5 ans (avec la participation pleine et entière des experts du Centre du patrimoine mondial). Les autorités portuaires ont aussi insisté pour que le projet n'ait pas d'impacts graves sur les environnements naturels et patrimoniaux, pour que les termes de référence (TOR) de l'analyse de l'état initial et de l'EIE soient rédigés par le Ministère de l'environnement de Zanzibar (et comprennent une évaluation des impacts sur l'environnement culturel de la Ville de pierre, ainsi que des mesures d'atténuation si nécessaire au vu de la procédure de suivi après 5 ans évoquée ci-dessus) et enfin pour que la Commission européenne accepte de payer l'analyse de l'état initial et l'EIE.
f) Depuis lors, il y a eu peu de contacts entre les différents intervenants du projet (la Commission européenne, le consultant environnemental de cette même Commission, les autorités portuaires, le Ministère de l'environnement du Gouvernement de Zanzibar, l'Ordonnateur national de l'Etat partie, l'Autorité de conservation et d'aménagement de la Ville de pierre (Stone Town Conservation and Development Authority - STCDA) et le projet s'est poursuivi sans qu'aucun des accords et approbations nécessaires n'aient été accordés et qu'aucune étude ou évaluation environnementale n'ait été menée.
g) Le Ministère de l'environnement de Zanzibar a insisté pour que, en l'absence d'analyse de l'état initial et d'EIE, il y ait quand même un audit d'impact environnemental de l'Option B, s'intéressant aux environnements biophysique et culturel, et qu'un suivi après 5 ans d'activité portuaire soit réalisé afin d'identifier les causes d’éventuels impacts négatifs ainsi que les responsabilités en terme d'actions de réparation.
h) La construction du port sera achevée en novembre 2008. Lors de la visite de la mission, alors que 66% des travaux étaient achevés, seule une analyse de l'état initial très limitée avait été menée. En outre la mission a découvert des impacts complémentaires et non relatés liés au changement d'option (de A à B). Entre autre, le déversement de remblai importé afférent à des opérations de dragage dans la ceinture verte de la Ville de pierre, la démolition non autorisée et non documentée de deux entrepôts protégés datant de 1927, contrevenant ainsi au Décret sur le patrimoine de la Ville de pierre de 1994 ; la construction non autorisée d'une grande barrière jaune en acier qui a « un grand impact négatif sur l'environnement culturel en terme de formes et de couleurs », un nouveau pont qui relie le quai à la jetée, construit lui aussi sans examen ni autorisation, ayant une de fois plus un impact visuel négatif, et, le retour des inquiétudes exprimées précédemment en ce qui concerne l'Option B, c'est-à-dire que le projet pourrait provoquer une augmentation de la force des vagues diagonales sur le mur maritime du front de mer, déjà en mauvais état et susceptible de tomber, ce qui aurait des impacts sur les bâtiments historiques et sur la route du front de mer.
i) Alors que le Centre du patrimoine mondial a clairement déclaré, dans un courrier en date du 15 janvier 2007, qu'il désirait consulter les résultats de l'EIE afin de déterminer si le projet portuaire de Malindi aurait ou pas des impacts négatifs sur le bien. Il est apparu au cours de cet échange que la Commission européenne ne s'était à aucun moment référée à la carte inclue dans le dossier d'inscription du bien définissant les limites du bien du patrimoine mondial, et que les problèmes liés au bien n'ont pas été délibérément négligés mais sont plutôt le fruit d'un défaut de prise de conscience du risque potentiel encouru par le bien du patrimoine mondial. La raison principale est que le projet initial de réhabilitation du port date de 1989-1991, avant l'inscription du bien, et que les actions actuellement entreprises ne sont que des travaux de réparation, sans modification.
j) En conclusion, le rapport de mission regrette que le projet de réhabilitation du port de Malindi n'était été ni conçu conformément aux exigences de protection d'un bien du patrimoine mondial et de sa valeur universelle exceptionnelle, ni mis en œuvre dans les conditions requises par les Orientations. Le rapport de mission juge que cela est dû à une série d'erreurs de procédure fondamentales mais non intentionnelles au début du projet, car les autorités portuaires et l'Ordonnateur national pensaient que le projet consistait en des travaux de réparation sur un projet préexistant entamé avant l'inscription du bien sur la Liste du patrimoine mondial, et ne l'ont donc pas perçu comme un projet nouveau de construction nécessitant une évaluation. Selon les discussions qui se sont déroulées au cours de la visite de la mission, la Commission européenne avait l'impression que le port était situé à l'extérieur de la zone centrale du bien, ayant pris en considération une carte de la zone de conservation, extraite du Décret du patrimoine de 1994. La mission regrette par ailleurs que l'Option B ait été choisie et mise en œuvre sans qu'une analyse de l'état initial et qu'une EIE globales n'aient été menées. L'absence de ces deux documents rend désormais impossible l'évaluation des résultats de l'Option B au regard de ceux de l'Option A.
k) En conséquence, le rapport de mission suggère que soit menée immédiatement une étude indépendante et minutieuse, il sera ainsi possible de constater tout impact négatif causé par l'Option B en menant un audit d'impact environnemental tant sur les ressources culturelles que biophysiques. Le rapport de mission précise que le Centre du patrimoine mondial et l'ICOMOS devraient être impliqués dans l'examen de l'audit et de ses conclusions, et que le Service des antiquités, autorité en charge de la gestion des biens du patrimoine mondial en Tanzanie, doit demander à l'Ordonnateur national qu'il fasse une requête officielle auprès de la Commission européenne afin qu'elle entreprenne cet audit et le projet de suivi.
l) Le rapport de mission suggère en outre que l'emplacement et les vestiges des entrepôts de 1927 qui ont été démolis soient documentés (à l'aide de dessins) par un spécialiste du patrimoine si de tels éléments n'existent pas déjà dans les archives, et que les dessins soient déposés dans les bureaux de la STCDA.
Le rapport de mission (mai 2008) comprend également un rapport complet et détaillé sur l'Etat de conservation. La visite du bien du patrimoine mondial a démontré qu'il était dans un état de conservation "honnête". La mission a cependant relevé des problèmes importants liés à la pression exercée par le développement, à la perte et à la dégradation de bâtiments et d'éléments historiques, de l'absence de gestion intégrée, d'interprétation et de présentation des critères d'une valeur universelle exceptionnelle. Le rapport de mission signale que la sensibilisation à ce que le statut de patrimoine mondial implique et nécessite n'est pas suffisamment forte auprès des parties concernées, des initiatives doivent remédier à cette situation et les différentes parties prenantes doivent agir ensemble et non pas de manière isolée, et ce, afin d'harmoniser et d'optimiser les interventions. Le rapport de mission souligne la nécessité d'une relation de travail harmonieuse, à établir au moyen d'une rencontre urgente des parties prenantes qui visera à la création d'un partenariat entre eux et à l'élaboration d'un cadre formalisé commun à tous afin de partager une même vision et des objectifs semblables pour la conservation durable de la Ville de pierre, et ce, dans la cadre d'une stratégie de conservation et de gestion adaptée (y compris au moyen d'un plan de gestion intégrée et d'un plan de gestion du patrimoine).
Le rapport de mission signale que le Rapport en préparation pour l'examen périodique (Pound & McDermott, février 2006) a estimé que s'il n'y avait pas d'amélioration dans le taux de perte des bâtiments historiques au cours des trois prochaines années, le bien serait prêt à être inscrit sur le Liste du patrimoine mondial en péril. Alors que le rapport de mission fait état de moyens et de temps insuffisants pour vérifier l'état actuel du bien, le taux de perte semble avoir diminué dans une mesure qui rend l'inscription du bien sur la Liste du patrimoine mondial en danger inappropriée, même si une attention urgente doit être portée de façon prioritaire au bien. Malgré la constatation de nombreux problèmes de conservation, le rapport de mission fait état d'un sentiment positif en terme de conservation du bien.