L'État partie a commencé son rapport en citant le plan directeur de 1972 pour la préservation de Mohenjo Daro, préparé par des experts internationaux. Le plan reposait sur cinq objectifs, couvrant la régularisation des cours d'eau, le contrôle des eaux souterraines, les plantations et l'aménagement paysager, et le tourisme culturel. Les sommes conséquentes nécessaires pour mettre en œuvre le plan directeur ont conduit à la création de la campagne internationale de l'UNESCO en 1974. Des montants substantiels ont été collectés pour financer des mesures destinées à éliminer la menace d'inondation, en abaissant la nappe phréatique de 7 m, et à préserver les structures-témoins des effets du sel et des problèmes de drainage. L'État partie reconnaît que seul le premier de ces objectifs a été atteint.
De nouvelles structures exécutives et consultatives ont été mises en place lorsque la campagne de sauvegarde internationale a pris fin. Malgré cela, Mohenjo Daro a fait l'objet de peu d'attention. Par conséquent, en 2003, l'UNESCO et le Pakistan ont conjointement décidé de créer une nouvelle structure de gestion afin d'accélérer les travaux de conservation et réhabilitation, financés en vertu du Fonds national pour Mohenjo Daro.
La structure de gestion a momentanément été suspendue par le secrétaire de la Culture en janvier 2006, puis rétablie par une lettre du secrétaire en date du 13 décembre 2006. Le Département d'archéologie et des musées a préparé un plan directeur décennal pour la réhabilitation et le tourisme culturel à Mohenjo Daro qui est actuellement évalué par les autorités nationales compétentes.
La mission conjointe Centre du patrimoine mondial/ICOMOS effectuée en novembre/décembre 2006 a constaté qu'en dépit des problèmes restant concernant l'organisation et la cohérence des travaux de conservation et réhabilitation, des progrès généraux ont été faits en matière de protection des structures en brique exposées. Le plan d'action proposé par la mission pour traiter les problèmes non résolus vient en complément et actualise le plan d'action à moyen terme préparé en 2003. Il a par conséquent été convenu avec les autorités nationales que l'expertise, les conseils et l'aide financière apportés par le Centre du patrimoine mondial étaient impératifs et devaient être poursuivis. De plus, une étroite collaboration entre le Département d'archéologie et des musées d'Islamabad, le ministère fédéral de la Culture et le Centre du patrimoine mondial ainsi que l'ICOMOS a été demandée par l'État partie afin de garantir et guider la mise en œuvre du plan directeur décennal proposé, ainsi que du plan d'action biennal.
La mission conjointe Centre du patrimoine mondial/ICOMOS a émis des recommandations générales portant sur la nécessité de :
(i) définir les limites du bien suivant les études archéologiques ;
(ii) effectuer et poursuivre les activités concernant la conservation et protection des zones fouillées et non fouillées conjointement avec la documentation scientifique de toutes les activités ;
(iii) améliorer le plan de gestion en réponse aux recommandations de la mission de suivi réactif ;
(iv) améliorer et poursuivre le suivi du bien ;
(v) identifier les besoins en formation et améliorer le renforcement de capacités.
Des recommandations spécifiques ont été émises portant sur la nécessité de :
(i) produire, de manière prioritaire, une carte topographique du bien et enregistrer les limites actuelles du bien du patrimoine mondial ;
(ii) élaborer et approuver une stratégie de fouilles avant que de quelconques autres interventions archéologiques ne soient entreprises ;
(iii) réaliser de premières études géophysiques pour explorer l'étendue réelle du bien accompagnées de minutieuses fouilles archéologiques le cas échéant afin de redéfinir en conséquence les zones centrales et tampons ;
(iv) développer davantage le plan de conservation pour les structures exposées et poursuivre les mesures de protection appliquées avec succès ;
(v) surveiller étroitement les empiètements par les populations et élaborer un plan d'action pour les zones qui abritent des établissements humains ;
(vi) améliorer davantage la gestion des documents et des données historiques par l'élaboration d'un plan de documentation spécifique ;
(vii) développer davantage un plan de développement et de gestion du tourisme afin d'améliorer les installations et conseils destinés aux touristes, en étroite coordination avec le projet de plan d'aménagement de Mohenjo Daro, afin de créer un parc archéologique ;
(viii) identifier les besoins en formation du personnel du site et au sein de l'institution nationale en général ;
(ix) améliorer la qualité du laboratoire du site pour un meilleur suivi scientifique.
