Après l'inscription du bien sur la Liste du patrimoine mondial en 1997, des progrès ont été accomplis dans le domaine de la conservation, en particulier avec la création et la mise en place d'une autorité de gestion compétente (Le Comité de gestion a été créé en 2002 et le Service de la protection du patrimoine culturel en 2005).
Cependant, l'état de conservation du bien est préoccupant à plusieurs titres:
a) Le bien est composé de trois sites: la vieille ville de Lijiang Dayan, le quartier de Baisha situé à 8 kilomètres au Nord de Lijiang, et, la ville de Shuhe, petit village situé à 4 kilomètres au Nord-Ouest de Lijiang, qui fut un centre éducatif et artisanal. Lors de l'inscription au Patrimoine mondial, un concept de zone de protection à trois niveaux (inspiré du "Schéma directeur sur l'étendue culturelle et historique de la ville de Lijiang" adopté en 1994) a été utilisé pour définir les zones centrale et tampon sur une superficie total de 3,8 km² dans la vieille ville de Dayan. Lors de l'élaboration du plan de gestion intégral de la vieille ville de Lijiang, les autorités compétentes ont essayé de réduire la zone centrale et la zone tampon de la vieille ville de Dayan afin de permettre l'aménagement de projets touristiques dans d'autres sites du bien. Il n' y a pas de démarcation clairement définie des limites ou des zones tampons de Baisha et de Shuhe.
b) La pratique de plus en plus courante consistant à vendre des droits d'aménagement et de gestion des sites du patrimoine à des sociétés commerciales est une source croissante de préoccupation. Ceci concerne entre autre l'aménagement de la ville de Shuhe qui a été mené avec une piètre application et un faible suivi des règles de conservation. En outre, plusieurs équipements touristiques, des projets immobiliers et/ou des commerces ont été construits autour du bien et même dans les zones tampons de la ville de Dayan. Par exemple, le quartier de Nanmen, situé près de la vieille ville de Dayan a été construit en 2004 et le centre touristique Chama (Thé et cheval), situé à Shuhe, en 2003. Un autre projet, dont le nom proposé est "Centre des forums du Patrimoine mondial de la vieille ville de Lijiang", a été soumis à délibération par le Département chinois de l'administration du patrimoine culturel au Centre du patrimoine mondial et à l'ICOMOS. Le projet est situé dans la partie sud de la vieille ville de Dayan, dans la zone tampon. L'ICOMOS pense que la mission générale du Centre des forums n'est pas assez définie. Pas plus que ne l'est le fait que la présence de ce Centre puisse contribuer à la réduction de la surconcentration d'équipements touristiques dans la zone centrale de la ville de Dayan. L'utilisation de matériaux de construction traditionnels pour le projet n'a pas été mentionnée. L'ICOMOS suggère que le projet soit architecturalement conçu avec soin afin de s'intégrer harmonieusement dans le paysage de Lijiang.
En résumé, le bien est désormais entouré de projets commerciaux qui essayent de "mettre en valeur" la beauté de la vieille ville mais qui en réalité détériorent le bien. Par exemple, le système d'alimentation en eau de Shuhe s'est détérioré depuis l'aménagement d'équipements touristiques. Dans le même temps, l'environnement aux alentours du bien a été mis en péril. En ce qui concerne cet aspect préoccupant, les projets touristiques et commerciaux dans le bien sont susceptibles d'avoir un impact négatif sur la structure sociale et sur les valeurs culturelles et patrimoniales de l'ethnie Naxi.
Les autorités de gestion du bien ont été conscientes de l'importance de la sauvegarde des patrimoines à la fois tangible et intangible du bien et ont pris les mesures appropriées. Un pourcentage des revenus générés par le tourisme a été réinvesti soit dans des projets communautaires soit dans des projets patrimoniaux de la vieille ville de Dayan, qui ont permis une amélioration du paysage urbain, de l'infrastructure et des services publics. Des musées présentant les us et coutumes locaux ont contribué à une meilleure compréhension du bien. Un Fonds d'incitation locale a été mis en place pour permettre aux propriétaires d'obtenir des prêts et des subventions afin d'entretenir leurs maisons selon les règles traditionnelles de construction.
Cependant, les tentatives répétées de conservation à petite échelle ont été balayées par la commercialisation à grande échelle, fruit de la réputation du bien en tant que destination touristique tant pour les visiteurs chinois que pour les étrangers. Des intérêts commerciaux ont conduit à prendre des mesures autorisant la venue de grands nombres de touristes, compromettant ainsi les valeurs patrimoniales authentiques qui attiraient auparavant les visiteurs. D'un point de vue architectural, l'authenticité urbaine a été détériorée par un développement et une reconstruction très répandus ainsi que par l'utilisation de matériaux de construction modernes et la copie du style architectural traditionnel en lieu et place d'un maintien du tissu historique. D'un point de vue social, le bien a été témoin du déplacement des populations locales traditionnelles et du remplacement des activités ancestrales au profit d'activités touristiques gérées par des populations exogènes. Une attention accrue portée à la gestion des visiteurs et à la régulation des investissements liés aux infrastructures et équipements touristiques est demandée.
En absence d'une stratégie de gestion intégrée établissant un équilibre entre conservation et développement, des orientations complètes et un mécanisme de suivi garants d'une conservation durable des valeurs du site doivent être établis. Ces changements représentent des défis croissants pour la communauté patrimoniale historique de Lijiang, qui reste consciente de la sauvegarde de son patrimoine, tant sous sa forme tangible qu'intangible, et s'y engage.
Prenant en considération l'importance des menaces pesant sur le paysage urbain de Lijiang et de ses alentours, menaces liées à la reconstruction, à de nouvelles structures touristiques, à d'autres bâtiments et équipements neufs, le Centre du patrimoine mondial et l'ICOMOS considèrent qu'un Plan de gestion de Lijiang est nécessaire et que celui-ci doit être intégré au sein d'un Schéma directeur de zone plus vaste qui prendra en charge les équipements touristiques, l'aménagement d'infrastructures, le logement, etc… dans leur complexité et dans le respect de l'intégrité des trois zones centrales du bien.