A sa dernière session, le Comité a félicité le gouvernement équatorien d'avoir assuré l'adoption de la loi spéciale sur les Galapagos le 18 mars 1998 par le Service officiel de l'Enregistrement des Galapagos en tant que Loi n° 278 et a décidé de ne pas inclure les Galapagos sur la Liste du patrimoine mondial en péril. La loi prévoit l'extension de la limite extérieure de la réserve marine de 24 à 64 km des côtes et la création d'une importante réserve de 130 000 km² pour la conservation de la biodiversité marine où ne seront autorisés que le tourisme et la pêche artisanale. De plus, la loi traite la plupart des grandes questions relatives à la conservation et au développement durable des Galapagos, y compris les cinq points qui avaient été décrits dans les rapports des sessions du Bureau et du Comité en 1998.
Des informations récentes reçues par l'UICN indiquent que des mesures positives ont été prises pour renforcer l'intégrité de ce site. La réglementation générale pour la mise en œuvre de la loi spéciale pour les Galapagos a été approuvée. Néanmoins, les différentes réglementations spéciales n'ont pas été mises au point et il reste donc beaucoup de parties de la loi à faire appliquer. Le grand motif de préoccupation réside dans le fait qu'il n'y a toujours pas de réglementation concernant l'application des diverses dispositions de la loi traitant du contrôle des espèces introduites, de l'évaluation d'impact environnemental, de l'audit environnemental et d'autres instruments de protection de l'environnement. Il est urgent de disposer d'une réglementation concernant les pêcheries, coordonnée avec la planification de la gestion de la réserve marine et d'une réglementation concernant le tourisme. S'agissant du tourisme, il est particulièrement préoccupant de constater que l'association de réglementations relatives à l'environnement et au tourisme devrait strictement réguler l'application de la quatrième disposition transitoire de la loi spéciale pour les Galapagos, qui exempte l'Ile Isabela et ses résidents de certaines contraintes relatives liées à l'expansion touristique. Cette loi spéciale pourrait, si elle était mal appliquée, ouvrir la voie à des aménagements indésirables qui auraient des effets négatifs sur la conservation des Galapagos. En août 1998, une nouvelle Constitution est entrée en vigueur en Equateur. Pour ce qui est des Galapagos, la nouvelle Constitution réaffirme le statut spécial de l'archipel.
Malgré les retards dans la mise au point des réglementations, il se manifeste une rapide évolution vers la création d'un système d'inspection utilisant la quarantaine pour les Galapagos. Les inspections devraient débuter dans les ports et les aéroports, sur le continent et dans les îles vers le milieu de 1999. La Station de recherche Charles Darwin (CDRS) aide à coordonner les activités dans les îles, fournit une certaine assistance technique et met en œuvre un programme intensif de sensibilisation. Il est question de financer une grande partie de l’infrastructure d'inspection de la quarantaine, la formation et les services d'experts par l'intermédiaire de deux projets de la Banque interaméricaine de développement.
Le Bureau a noté qu'en ce qui concerne l'éradication d'espèces étrangères aux îles, le ministère de l'Environnement a préparé une demande de financement au Fonds pour l'environnement mondial afin de protéger la biodiversité terrestre des Galapagos. Le projet complète d'autres parties de la stratégie de conservation pour les Iles Galapagos qui vise à contrôler le développement d'espèces envahissantes appartenant à d'autres classifications animales et végétales. Un projet présenté par le Centre du patrimoine mondial de l’UNESCO, en concertation avec la CDRS, pour un financement par le Fonds des Nations Unies pour les partenariats internationaux (UNFIP) et la Fondation des Nations Unies (FNU) a été approuvé pour un montant de 3.999.850 dollars EU. Ce projet est intitulé "Contrôle et éradication des espèces envahissantes : condition nécessaire pour la conservation de la biodiversité endémique du site du patrimoine mondial des Iles Galapagos". Sur ce montant approuvé, 2.000.000 de dollars EU seront utilisés pour créer un Fonds de dotation destiné à fournir un appui à long terme au contrôle et à l'éradication d'espèces envahissantes aux Galapagos.
Le plan de gestion de la Réserve marine a été approuvé le 18 mars 1999, malgré des complications dues à l'absence d'une réglementation générale concernant la loi spéciale. L'approbation du plan de gestion devrait marquer la fin de la pêche commerciale dans la réserve marine et la création d'un Groupe de gestion participative pour la Réserve. Pour une bonne mise en œuvre du plan de gestion, il est essentiel de disposer d'une définition claire des zones de gestion, spécialement des zones de protection stricte d'où l'on ne peut rien emporter. Les détails des dispositions concernant les pêcheries artisanales – y compris la définition du terme "artisanal" dans le contexte des Galapagos – doivent également être décidés au moyen d'un exercice technique qui a été instauré en collaboration avec l'Institut des Pêcheries nationales mais qui tirerait grand profit d'avis techniques internationaux éclairés. Une troisième question à considérer dans la mise en œuvre du plan de gestion est la création de mécanismes de régulation de la capacité totale de la pêche dans les îles.
Malgré l'aspect positif de tous ces faits nouveaux, la décision de rouvrir les pêcheries de concombres des mers pendant deux mois a sérieusement préoccupé les ONG nationales et internationales de conservation. Les deux principaux motifs de crainte concernent la situation de la ressource elle-même et la capacité de gérer efficacement les activités des pêcheries. Un rapport reçu de la Fondation Charles Darwin indique que la réouverture des pêcheries de concombres des mers fait suite à une évaluation de ces populations dans les zones de pêche. Un programme commun de suivi et de surveillance entre le GNPS, la CDRS et la marine équatorienne a été mis en place avec l'aide de six patrouilleurs. Grâce à l'appui de la Société zoologique de Francfort, la patrouille marine est renforcée par une patrouille aérienne. Ce système de surveillance s'avère très efficace pour faire appliquer la loi. La situation actuelle est encore confuse quant au nombre de bateaux et de pêcheurs et cela est préoccupant. Les résultats du suivi montrent un niveau de prise extrêmement bas par rapport à celui de 1994 et les plongeurs vont maintenant chercher les concombres de mer dans les eaux plus profondes. Les résultats actuels montrent que cette activité n'est pas viable et pourrait avoir de nouveaux effets préjudiciables sur l'ensemble de la vie marine de la Réserve.
L'UICN a fait remarquer l'importance de l'établissement rapide de réglementations spéciales pour permettre l'application de certaines parties de la loi spéciale (notamment en ce qui concerne les pêcheries et le tourisme). L'UICN s'est montrée préoccupée de la réouverture des pêcheries de concombres des mers étant donné l'impact que cela représente pour cette ressource et la capacité de gérer efficacement les activités des pêcheries. L'UICN attend de pouvoir étudier le plan de gestion récemment approuvé pour la Réserve marine. Elle voudrait l'étudier dans l'optique d'une nouvelle proposition d'inscription possible de la Réserve marine comme extension du site du patrimoine mondial. L'UICN a souligné l'avancement réalisé et le fait que les Iles Galapagos constituent un modèle pour d'autres pays pour ce qui est de la gestion des sites du patrimoine mondial.
L'observateur de l'Equateur s'est félicité du nombre de bailleurs de fonds qui contribuent à la protection du site et il a déclaré que son gouvernement répondrait à toutes les demandes faites par le Comité. Il espérait que l'on allait pouvoir résoudre toutes les difficultés de mise en œuvre de la loi et d'une nouvelle proposition d'inscription de la Réserve marine.
Le Bureau a complimenté l’État partie de ses efforts pour améliorer la conservation du site du patrimoine mondial des Iles Galapagos, en particulier à une époque de difficultés économiques. Le Bureau a reconnu l'appui fourni par l'USAID, la Société zoologique de Francfort, la Fondation Barbara Delano, le WWF et la Fondation David et Lucile Packard pour renforcer la gestion de ce site, ainsi que le FNU/UNFIP pour l'approbation du projet sur le contrôle et l'éradication des espèces envahissantes. Le Bureau a demandé à l’État partie de fournir des exemplaires du plan de gestion récemment adopté pour la Réserve marine au Centre et à l'UICN pour étude. Le Bureau a également demandé à l'UICN de déterminer si le plan constitue une base satisfaisante pour une nouvelle proposition d'inscription de la réserve marine comme extension au site du patrimoine mondial et de lui présenter ses conclusions à sa prochaine session, en novembre 1999. Le Bureau a invité l'État partie à présenter le premier de ses rapports annuels sur l’état de conservation des Galapagos à la vingt-troisième session du Comité.