Depuis 1997, le Bureau et le Comité ont demandé à plusieurs reprises la fermeture permanente de la route de 18 km traversant le Parc qui avait été illégalement rouverte par la population locale. A sa vingt-deuxième session, le Bureau a demandé l’envoi d’une mission Centre/UICN pour étudier la situation et fournir une assistance à l'État partie pour limiter les menaces sur le Parc. La vingt-deuxième session extraordinaire du Bureau (novembre 1998) a été informée d'une nouvelle menace à l'intégrité d'Iguaçu due à des plans prévoyant le remplissage d'un réservoir hydroélectrique dans le sud-ouest du Brésil, ce qui détournerait un volume considérable des eaux d'Iguaçu pendant sept à huit semaines par an. Le Bureau a renouvelé sa demande à l'État partie concernant la fourniture d'informations sur les deux points mentionnés plus haut et sur les plans de remplissage du réservoir hydroélectrique. Le Bureau a noté qu'une mission Centre-UICN pourrait être organisée en mars 1999 qui pourrait déterminer si le site doit être inscrit sur la Liste du patrimoine mondial en péril.
Une mission UICN/UNESCO a visité le site en mars 1999 et a discuté de son état de conservation avec tous les partenaires concernés, y compris la population locale et les fonctionnaires du gouvernement local. La mission a déterminé quatre menaces essentielles à l'intégrité du site :
(1) La route de Colon a été illégalement rouverte en mai 1997. Le procureur fédéral poursuit actuellement les communautés locales de la région pour cette réouverture de la route et les organismes fédéraux et d'Etat pour n'avoir pas fait respecter la fermeture de cette route. La majorité de la population locale préfère continuer à utiliser la route car cela raccourcit d'environ 130 km la distance entre les communautés établies au nord et au sud du Parc. La route nord-sud coupe le Parc en deux et a entraîné une ouverture de la canopée de la forêt sur presque toute sa longueur. La route a abouti à la destruction de certaines parties de la forêt, a mis un terme aux mouvements de la faune sauvage entre les parties est et ouest du Parc et a eu d'importantes conséquences nuisibles sur les valeurs de patrimoine mondial du site. Le personnel de chercheurs et universitaires du site s'est montré particulièrement préoccupé de la préservation du jaguar qui pourrait être menacé d'extinction dans la région car la route coupe en deux le territoire de son habitat. Cette route entraîne un envasement des criques et des rivières et une modification des caractéristiques hydrographiques, ce qui aggrave encore l'impact sur les valeurs de patrimoine mondial. La route a également ouvert un accès dans le Parc pour l'abattage illégal de bois d'œuvre et le braconnage.
(2) Les vols d'hélicoptères provenant du Brésil et d'Argentine ont commencé en 1972. A la suite des recommandations du Comité du patrimoine mondial en 1994, les vols ont cessé du côté argentin mais ont continué du côté brésilien. En 1996, une préoccupation grandissante à cet égard a abouti à une discussion entre les Présidents argentin et brésilien. En 1997, le Brésil, en accord avec l'Argentine, a repris les vols d'hélicoptères – limités au territoire brésilien – pour une durée de 900 à 1700 heures, à une altitude minimum de 1600 pieds (500 mètres). L'héliport devait être transféré d'un emplacement tout proche des chutes vers un lieu situé en dehors du Parc national. Mais un emplacement convenable pour l’héliport en dehors du Parc reste à établir et près de 20 à 25 vols par jour, de 7 à 11 minutes chacun, continuent à s’effectuer de l’intérieur du Parc. Une étude de l'Institut de l'Environnement du Paraná montre que la plupart des visiteurs jugent que les vols sont gênants pour apprécier les chutes. L'étude n'a toutefois pas étudié les impacts des vols sur la faune.
(3) Le barrage de Salto Caixas sur l'Iguaçu a été construit récemment mais est situé en aval du Parc national et il n'y a pour l'instant pas de preuve d'impact sur les valeurs du Parc. Le projet de construction d'un autre barrage à Capanema a été abandonné car il aurait eu un impact direct sur le Parc.
(4) Le nouveau plan de gestion du Parc national d'Iguaçu devait être achevé en mai 1999. Ce plan de gestion cherchera à traiter tous les problèmes mentionnés ci-dessus. Il est clair que la gestion des deux sites du patrimoine mondial – le Parc national d'Iguaçu (Brésil) et le Parc national d'Iguazu (Argentine) – bénéficierait d'une meilleure liaison et d'une collaboration plus étroite entre les autorités responsables de la gestion de chacun des deux parcs. L’UICN a souligné qu’il faudrait accorder suffisamment de temps aux États parties pour appliquer les recommandations de la mission.
Le Centre a informé le Bureau que les ministres de l’Environnement et du Tourisme, ainsi que le gouverneur de l’Etat du Parana se sont réunis le 13 avril 1999 et ont convenu que la situation concernant la route de Colon n’était pas acceptable. Ils ont défini un certain nombre de mesures pour résoudre ce problème, y compris la récupération des aires dégradées, ainsi qu’une consultation avec les autorités locales pour trouver une solution pacifique pour la fermeture de la route. L’observateur du Brésil a informé le Bureau que le nouveau plan de gestion est achevé et qu’il recommande la fermeture de la route illégale, évalue les dégâts et formule un ensemble de recommandations pour la restauration de cette aire. Le plan définit également un nouveau zonage du Parc. Un dialogue avec le Service des Parcs nationaux argentins a été instauré en vue de la création d’un programme commun de recherche, de suivi et de protection des deux sites du patrimoine mondial.
Le Bureau a demandé à l’État partie de fermer immédiatement la route de Colon et d’instaurer un plan de régénération pour accélérer la fermeture de la canopée et le renouvellement de la couverture végétale, stabiliser les sols et lutter contre l’érosion. En l’absence de résultats satisfaisants concernant la fermeture définitive de la route et la mise en œuvre du plan de régénération d’ici sa vingt-troisième session extraordinaire, le Bureau pourrait recommander que le Comité inscrive le Parc national d’Iguaçu sur la Liste du patrimoine mondial en péril. Par ailleurs, le Bureau a demandé à l’État partie : (i) d'arrêter immédiatement les vols d'hélicoptères en attendant une évaluation détaillée de leurs impacts sur la faune, particulièrement l'avifaune ; et (ii) adresser un exemplaire du nouveau plan de gestion à l'UICN pour étude afin de permettre une estimation de l'efficacité du plan pour traiter les menaces qui pèsent sur l'intégrité du site.