Le Bureau a été informé que le Centre du patrimoine mondial a entrepris une mission à Goa en janvier 1999 pour mettre au point une proposition de projet fondée sur la coopération entre les autorités locales de la vieille ville de Goa (Inde), Guimaraes (Portugal) et Brighton et Hove (Royaume-Uni) pour présentation au Programme Asia Urbs de l'Union européenne. Lors de cette mission, il a été noté que malgré l'effort important réalisé pour conserver les différents monuments, l'ensemble du site manque de cohésion visuelle et spatiale. L'élargissement des routes, l'abandon des ruines archéologiques et la nouvelle organisation de l'espace et du paysage ont enfermé les différents monuments dans des places traitées en jardins qui n'ont aucun rapport avec le tissu urbain historique, ce qui transforme le site en ensemble de monuments et porte atteinte à l'intégrité du site en tant qu'ancienne ville portuaire.
La mission a pu noter d'urgentes nécessités en matière de conservation pour la cathédrale de Se', la basilique du Bom Jesus et l'église St François d'Assise, notamment en ce qui concerne les réparations de panneaux de bois endommagés par l'humidité pour éviter la perte des œuvres d'art (peintures et sculptures) figurant sur ces panneaux.
Un rapport d'un expert indépendant reçu ultérieurement par le Centre faisait état de dommages causés à certains des monuments en raison de travaux de restauration mal faits, réalisés avec des matériaux non adaptés (béton, peinture synthétique, etc.) il y a quelques années. Tout en notant des améliorations dans les travaux de restauration effectués plus récemment, le rapport de l'expert indépendant a souligné la nécessité de renforcer la formation spécialisée en conservation des matériaux et conservation architecturale, ainsi que la nécessité d'établir un plan de gestion d'ensemble du site qui prendrait en compte une meilleure présentation du tissu urbain historique de ce site. Par ailleurs, le rapport a signalé que l'intégrité et l'authenticité du site courront un risque sérieux si le projet prévu pour la modernisation et l'extension de la route nationale 4 est mis à exécution.
Le Centre, après consultation avec les autorités de la vieille ville de Goa, de l'Etat de Goa et avec des experts de l'Orient Foundation basés sur place, entre autres institutions et organisations non gouvernementales, et en étroite concertation avec le service local de l'Archaeological Survey of India, a préparé une proposition de projet de conservation urbaine et mise en valeur qui attend actuellement l'accord des autorités du gouvernement central avant soumission aux donateurs. Des discussions ultérieures avec la Direction générale portugaise pour les Monuments et Edifices nationaux (DGEMN) ont abouti à un engagement de collaboration entre le Centre et la DGEMN pour dresser un inventaire du site comme premier stade de l'élaboration d'un plan de gestion de la conservation plus cohérent.
Le Bureau, ayant été informé de l’état de conservation du bien et des efforts entrepris par le Secrétariat pour mobiliser un appui financier et technique, a demandé à l’Etat partie, en collaboration avec l’UNESCO et des experts internationaux de la conservation, de : (a) réaliser une évaluation approfondie des besoins en matière de conservation de chaque monument, y compris les nécessités de formation en conservation ; (b) étudier le plan actuel de développement du site en vue d'améliorer la cohérence entre les monuments et le contexte urbain historique et (c) mettre au point une méthode intégrée et multisectorielle pour la sauvegarde et le développement du site afin de s'assurer que les travaux publics destinés à améliorer le réseau des routes et services publics ne portent pas atteinte à l'intégrité de ce site du patrimoine mondial. Le Bureau a demandé à l’État partie de présenter un rapport sur les mesures prises avant le 15 avril 2000, pour étude par le Bureau à sa vingt-quatrième session.