Depuis 1998, UNF a passé un accord de coopération avec les Nations Unies pour aider à la mise en œuvre des objectifs de la Charte des Nations Unies par la mise en place de projets innovants et proactifs qui sont des contributions au mieux-être du monde. Pour aider à cette collaboration, les Nations Unies ont établis un Fonds des Nations Unies pour les Partenariats Internationaux (UNFIP) destinés à recueillir les subventions versées par l'UNF pour les projets.
UNF et UNFIP ont mis en œuvre, en partenariat avec le Centre du patrimoine mondial, des projets portant sur la préservation de la diversité biologique mondiale et sur la promotion de l'importance du patrimoine naturel pour le futur de l'humanité.
En 2003, un accord de partenariat a été conclu entre UNF et le Centre du patrimoine mondial pour aider à la sensibilisation au patrimoine mondial, particulièrement aux Etats-Unis, et à la mobilisation de ressources pour les sites naturels et culturels du patrimoine mondial, en partie par la création de pages internet.