Depuis l'inscription du bien en 1994, des nombreuses menaces sur son intégrité sont apparues causées par une déforestation croissante dans la région aux alentours du bien, des menaces potentielles liées au projet de route traversant les Parcs nationaux de Los Katios et de El Darien ont également été signalées. Les impacts sur les zones humides du bien des feux de forêt provoqués par le changement de destination des terres à l'extérieur du bien sont en outre évoqués, ainsi que des impacts sur l'intégrité du bien causés par des conflits armés. Ces impacts n'ont cependant pas pu être constatés sur place puisque la mission de suivi proposée en 2000 n'a pu se rendre sur le site pour des questions de sécurité. Fin 2008, l'État partie a consulté le Centre du patrimoine mondial et l'UICN à propos de la procédure à suivre pour une demande d'inscription sur la Liste du patrimoine mondial en péril. Le bien doit faire face à un certain nombre de problèmes et de menaces qui doivent être réglés au niveau national mais qui réclament également une aide et une attention au niveau international. Suite à cette consultation, l'État partie a remis un rapport sur l'état de conservation qui désigne les points suivants comme étant les problèmes majeurs:
a) Exploitation forestière illégale
C'est le problème le plus urgent auquel le bien doit faire face, tant sur son territoire qu'aux alentours, et sa résolution nécessite l'engagement d'un certain nombre d'institutions et dépasse la seule responsabilité institutionnelle de l'Autorité en charge des Parcs. Une coopération entre les diverses institutions s'avère nécessaire pour résoudre ce grave problème et pour améliorer les efforts actuels de l'Autorité en charge des Parcs dans la prise de conscience par les communautés locales, la cogestion et un nombre croissant de patrouilles.
b) Impacts de la réinstallation de la communauté des peuples indigènes Wounaan sur le territoire du bien
Cette communauté vivait sur le territoire et a été déplacée lorsque le Parc national a été créé. Les Wounaan sont cependant revenus en 2004 et se sont réinstallés dans le périmètre du bien. Le rapport prétend que leur présence réduit la connectivité écologique au sein du parc et a des impacts négatifs sur les valeurs du bien en raison de leur pratique de l'agriculture, de la chasse et de la pêche.
c) Pêche et chasse
Une pêche excessive ayant, entre autres, recours à des techniques illégales telles que le poison a des conséquences sur les zones humides dans le territoire du Parc et aux alentours. Il est également fait état de chasse illégale ayant des conséquences sur les populations d'espèces emblématiques sur le territoire du Parc.
d) Réduction des habitats naturels
La réduction des habitats naturels et leur conversion en une agriculture de cycles et à l'élevage de bétail se produisent à un rythme croissant. Ces pratiques sont également associées à des feux de forêt volontaires qui ont un impact important sur l'étendue et la qualité des forêts sauvages sur le territoire du bien.
e) Pollution
Le rapport rend compte de pollution des zones humides et des plans d'eau dans le périmètre du parc, provoquée par des déchets et des eaux usées générés par les installations humaines.
f) Impacts potentiels des grands projets
La localisation du bien à mi chemin entre les côtes Atlantique et Pacifique explique sa présence dans un certain nombre de grands projets d'infrastructure tels que:
- L'autoroute Panaméricaine qui accentuerait la fragmentation des écosystèmes existants, certaines options du projet prévoyant en effet de traverser le bien, et augmenterait les pressions créées par l'utilisation des ressources présentes sur le territoire du bien, puisque le bien serait alors mieux relié aux villes existantes;
- Le canal interocéanique Atrato – Truandó, dont il est dit qu'il affecterait potentiellement les lieux d'endémisme et de concentration de faune et de flore, un certain nombre d'entre eux étant situés dans le périmètre du bien;
- Le chemin de fer interocéanique qui pourrait potentiellement avoir les mêmes impacts que ceux prévus pour le canal du même nom, puisque certaines options du projet proposent de traverser le bien;
- Un projet de ligne de courant électrique entre la Colombie et Panama qui aiderait au développement de nouvelles activités économiques dans la région, augmenterait ainsi les pressions exercées sur les alentours du parc et favoriserait l'aménagement de nouveaux foyers de peuplement humain et d'infrastructures connexes;
- Un grand projet d'usine d'hydroélectrique à Tilupo, encouragé par l'Institut colombien pour l'énergie électrique qui pourrait affecter et perturber le régime hydrologique indispensable au maintien d'écosystèmes fondamentaux dans le parc.
Comme évoqué ci-dessus, l'autorité en charge des Parcs colombiens met en œuvre un certain nombre d'activités de gestion ciblées afin de relever les défis existants et potentiels. Le rapport estime cependant que cela ne sera pas suffisant si une coopération entre les institutions aux niveaux national et régional n'est pas organisée afin de protéger et de gérer le bien.
L'État partie a officiellement confirmé sa demande d'inscription du bien sur la Liste du patrimoine mondial en péril, par un courrier adressé au Centre du patrimoine mondial, en date du 29 janvier 2009 et a également souhaité la venue d'une mission sur le territoire du bien. Les résultats attendus de ces démarches sont:
- Une reconnaissance internationale du problème du commerce illégal du bois affectant le bien et du caractère international de ce problème;
- Une mobilisation de l'aide internationale, en particulier de l'aide financière de la communauté internationale, y compris en provenance de donateurs internationaux et multilatéraux;
- Des suites données à ces actions, avec l'aide de l'UNESCO et de ses institutions contributives.
Sur la base du rapport établi par l'État partie, le Centre du patrimoine mondial et l'UICN estiment que le bien remplit les conditions requises à l'inscription du bien sur la Liste du patrimoine mondial en péril comme spécifié dans les Orientations devant guider la mise en oeuvre de la Convention du patrimoine mondial et fait remarquer que cette inscription a été demandée par l'État partie. Une mission est sollicitée afin d'évaluer les menaces pesant sur le bien et d'élaborer les mesures correctives nécessaires et leur calendrier d'application, l'Etat de conservation souhaité pour un retrait du bien de la Liste du patrimoine mondial en péril et une Déclaration de valeur universelle exceptionnelle à adopter par le Comité du patrimoine mondial à sa 34e session en 2010.
