En septembre 2005, le Centre du patrimoine mondial a été informé par l'UICN d'un certain nombre de sérieux problèmes de conservation qui semblent mettre en péril la valeur de patrimoine mondial de la baie d’Ha-Long, incluant la pollution de l'eau causée par les résidus des mines de charbon ; l'extraction et la vente de corail vivant ; la destruction des forêts de palétuviers ; la dégradation des masses d’eau suite à la construction d'espaces de loisirs et de tourisme ; et d'autres effets du développement d'infrastructures touristiques inopportunes.
Le Centre du patrimoine mondial a envoyé ces informations à l'État partie le 22 septembre 2005, et celui-ci a donné une réponse détaillée le 15 mars 2006. L’État partie relève que les menaces signalées se produisent seulement dans la zone tampon ou à l’extérieur du bien et n'ont pour le moment aucun impact sur le bien. L’État partie donne les informations suivantes :
a) La pollution limitée provenant des résidus des mines de charbon se produit dans la zone tampon. Elle est étroitement surveillée, ne modifie en rien la qualité de l'eau de la baie et est traitée au moyen de diverses opérations lancées par la province de Quang Ninh en coopération avec les charbonnages, en développant notamment un schéma directeur pour l'avenir de l'industrie du charbon.
b) La destruction des forêts de palétuviers demeure problématique dans la zone tampon et à l'extérieur du bien où elles ont été remplacées par les barrages d'aquaculture, le développement urbain ou industriel. De 1998 à 2003, 2 509 hectares ont ainsi disparu, soit 11 % de l'ensemble des forêts de palétuviers de la province de Quang Ninh. Cependant, la Province et l'Autorité pour la Gestion de la Baie d’Ha-Long ont lancé une série d'activités telles que des campagnes de sensibilisation, la plantation ou la replantation de mangroves (2 196 ha entre 1998 et 2003) et la limitation de nouvelles destructions.
c) Les installations touristiques et récréatives qui sont, d’après les informations reçues, à l'origine de la dégradation des parties aquatiques de la baie, ainsi que les autres infrastructures touristiques, sont toutes situées dans la zone tampon et sont construites conformément aux Etudes d’impact environnemental (EIE) approuvées ou après avoir reçu l’accord des autorités locales.
d) Grâce à l’ensemble des activités, notamment l'application rigoureuse de la législation et actions de sensibilisation, le commerce du corail vivant a quasiment disparu.
L’État partie signale toutefois que le bien continue d'être potentiellement menacé par les pressions du développement économique, notamment l’expansion des infrastructures touristiques, industrielles et urbaines.
Le Centre du patrimoine mondial et l’UICN accueillent avec satisfaction la réponse détaillée aux préoccupations que suscite l'état de conservation du bien et notent que les menaces signalées ne se produisent en l’occurrence que dans la zone tampon ou à l'extérieur du bien et sont traitées par les autorités locales. Cependant, le Centre du patrimoine mondial et l’UICN notent avec inquiétude que les impacts négatifs potentiels de ces menaces sur le bien ne sont pas totalement exclus et que le bien pourrait continuer d'être potentiellement menacé ; ils prient donc instamment l'organisme de gestion de la baie d’Ha-Long de poursuivre ses efforts pour atténuer ou résoudre les pressions du développement économique en étroite coopération avec les autres autorités concernées.
En novembre 2005, l'Unité de Gestion II du Projet Maritime, organe exécutif de la construction du port de Cai Lan, a informé le Centre du patrimoine mondial d'un éventuel projet d'extension à proximité du bien du patrimoine mondial. Selon les informations communiquées, ce projet est en préparation sur la base d'une Etude d'impact environnemental (EIE) approuvée par le ministère des Sciences, de la Technologie et de l'Environnement en 1998.
Bien que le port soit en dehors des zones protégées du bien, mais que par hypothèse, ce projet d'extension risque de porter préjudice à la valeur universelle exceptionnelle du bien, le Centre du patrimoine mondial a demandé en janvier 2006 à l'État partie d'envoyer les documents techniques montrant les conséquences possibles de l'extension précitée. Dans une lettre datée du 22 mars 2006, l'Unité de Gestion II du Projet Maritime sollicite l'appui de la Commission nationale du Viet Nam pour le projet d'extension du port (Stade 2 de la Phase 1), qui fait suite au Stade 1 en cours d'achèvement, sur la base du rapport de 1998 et d'autres études fiables.
Toutefois, le Centre du patrimoine mondial juge cette information insuffisante pour établir le caractère opportun du projet d'extension du port, compte tenu de son impact potentiel sur la valeur universelle exceptionnelle du bien, vu que l'EIE a été réalisée il y a huit ans.
En avril 2006, l’UICN a également reçu un rapport sur un projet de fabrique de ciment, avec des impacts négatifs potentiels pour le bien. La cimenterie de Cam Pha est prévue pour implantation dans la circonscription de Cam Thach, ville de Cam Pha, au bord de la baie d’Ha-Long. Les impacts négatifs sur le bien du patrimoine mondial pourraient être, selon les informations obtenues, la construction d'une jetée à 4 km au large de la baie d’Ha-Long, ainsi que la pollution de l'air et de l'eau résultant de l'importation et de l'exportation de matières premières (argile, mâchefer, charbon et ciment).
D’après les informations reçues, la capacité de gestion limitée du personnel de l'organisme qui gère la baie d’Ha-Long freine l’amélioration de la conservation et de la gestion du bien. Compte tenu de l’urgente nécessité de renforcer les capacités, et des ressources financières limitées, le Centre du patrimoine mondial et l'UICN invitent l'État partie à faire une demande d'Assistance internationale auprès du Fonds du patrimoine mondial pour le développement des capacités, avec l’assistance technique éventuelle de l'UICN par l’intermédiaire de son Bureau au Viet Nam, pour préparer et mettre en œuvre cette demande d'Assistance internationale.