Le Comité du patrimoine mondial, à sa 29e session (Durban, 2005), s'est déclaré « très préoccupé de l'état de conservation de ce bien » et a prié instamment l'État partie de prendre des mesures urgentes et appropriées, mais aussi de mettre en œuvre le schéma directeur établi par l'UNESCO et le PNUD en 2003, définir la zone centrale et les zones tampons du bien, et résoudre le problème des ajouts illégaux et inadaptés de l'ancien Palais Catholicos qui porte atteinte à la valeur universelle exceptionnelle de Mtskheta.
Le ministère géorgien des Affaires culturelles a présenté, le 12 mars 2007, un rapport d'état de conservation daté de janvier 2007, qui recouvre un large éventail de questions préoccupantes :
L'État partie rappelle que la justification fournie dans le dossier de candidature au moment de l'inscription ne contient aucune déclaration de valeur universelle exceptionnelle du bien. L'État partie tente également d'articuler une déclaration d'authenticité/intégrité, mais celle-ci n'est pas en totale conformité avec les Orientations. À cet égard, l'État partie relève un nombre important de pertes d’authenticité, qu’il s’agisse du Palais Catholicos-Patriarche Anton II, des interventions inappropriées du clergé local à Svetitskhoveli, des travaux de « restauration » erronés (suspendus en 2004) à l'église du monastère de Jvari et des travaux de reconstruction inappropriés de l'église à six absides d’Armaztsikhe-Bagineti.
L'État partie parle aussi d’un certain nombre de monuments qui ont été « complètement détruits » suite aux derniers travaux :
a) quelques bas-reliefs du monastère de Jvari ;
b) le beffroi de la cathédrale de Svetitskhoveli ;
c) une partie des fortifications d’Armaztsikhe-Bagineti.
L’ICOMOS trouve ces rapports d’autant plus préoccupants que la perte d'authenticité signalée implique une perte potentielle importante de valeur universelle exceptionnelle.
L'État partie rapporte qu'en décembre 2005, le Président de la Géorgie a promulgué un décret réorganisant la ville-musée de Mtskheta (1968) en Ville-musée archéologique d'État du Grand Mtskheta (2007). L'État partie note qu'en janvier 2007, la Commission de gestion intégrée du patrimoine de Mtskheta a été créée au sein de la municipalité pour mieux coordonner au niveau local « la conservation durable et intégrée et la gestion du patrimoine culturel situé sur le territoire de Mtskheta ». Cependant, l'État partie observe qu'aucun progrès n'a été fait pour établir un plan de gestion du bien et que le schéma directeur de 2003 sur le patrimoine et le tourisme de Mtskheta sert à guider la prise de décisions à court et à long terme pour le site.
Le Centre du patrimoine mondial et l’ICOMOS sont très préoccupés de voir que l'État partie n'a pas pu poursuivre la mise en œuvre du schéma directeur établi par l'UNESCO et le PNUD en 2003. L’ICOMOS a la ferme conviction, étant donné les positions manifestement divergentes de l'Église et de l'État en matière de développement et les pertes d'authenticité matérielles notoires déjà constatées, qu'il est extrêmement important d’établir d’urgence un plan de gestion impliquant tous les acteurs.
De plus, le rapport de l'État partie donne une vue d'ensemble détaillée du suivi des conditions matérielles des quatre composantes majeures du bien inscrit:
d) Église de Jvari : hormis les difficultés signalées quant au traitement des moisissures qui constituent une menace pour la survie des fresques, des bas-reliefs et des matériaux importants, les commentaires portent également sur les chantiers de construction non autorisés que l'Église géorgienne a entrepris sur le site. Le rapport indique que malgré l’arrêt des travaux de reconstruction qui ont endommagé la petite église du Nord, l'église et le parekklesion restent sans toiture.
e) Cathédrale de Svetitskhoveli : le rapport explique les problèmes structurels de la cathédrale de Svetitskhoveli. Le clocher du XVIIe siècle a été démoli et les « travaux de ‘reconstruction’ absolument erronés » exécutés au palais de Melchisédech (XIe siècle) récemment découvert, ont été très dommageables. L'État partie reprend les commentaires de 2005 en affirmant « qu'il est d'une importance capitale pour l'avenir du monument d'entamer des recherches stratigraphiques, des fouilles archéologiques systématiques et des travaux de conservation… » autour de la cathédrale.
f) Monastère de Samtavro : le rapport indique que malgré l’achèvement des travaux de stabilisation en 2003, une solution permanente pour la toiture de la cathédrale n'a pas été trouvée et les recherches archéologiques n'ont pas été terminées avant le début des travaux de « restauration » à l'intérieur de la cathédrale. Le rapport signale également que le beffroi menace sérieusement de s'effondrer.
g) Armaztsikhe-Bagineti : le rapport constate que l'église à six absides des IIe et IIIe siècles après J.-C., mise au jour dans les années 1990, est dans un état alarmant et qu'elle a complètement perdu son authenticité en raison de la priorité accordée à la reconstruction plutôt qu’à la conservation dudit monument. Le rapport atteste aussi des menaces qui pèsent sur les monuments exhumés dans les années 1940, les thermes de style romain et le système de fortifications, dont la majeure partie est irrémédiablement perdue.
Comme indiqué dans les précédents rapports, le Centre du patrimoine mondial et l'ICOMOS demeurent extrêmement préoccupés par la gravité et l'étendue des problèmes décrits, et par l'incapacité de l'État partie à les résoudre.
Le rapport de l'État partie signale, par ailleurs, que le 27 octobre 2006, le Ministre de la Culture, de la Protection des monuments et des Sports et le Ministre du Développement économique ont promulgué un décret commun n° 3/471 – 1-1/1243 « Sur la définition des zones de protection du patrimoine culturel de Mtskheta ». Ce décret commun prévoit la mise en place d'une série de zones pour mieux concentrer la protection sur le territoire de Mtskheta, à savoir :
a) La zone de protection des monuments immeubles (ZPMI) pour assurer la protection matérielle et visuelle des monuments existants dans le tissu historique de Mtskheta : la cathédrale de Svetitskhoveli, les églises de Samtavro Nunnery, Antioche et Gethsémani ;
b) La Zone de réglementation de la construction (ZRC), une zone tampon dans le but de protéger l'intégrité du centre historique de Mtskheta et son paysage historique ;
c) La zone de protection du patrimoine archéologique (ZPPA) qui comprend les sites archéologiques majeurs situés sur le territoire de Mtskheta et ses environs ;
d) La zone de protection du paysage (ZPP) pour protéger « le paysage historiquement formé en tant que phénomène culturel et naturel indissoluble ».
Suite aux rapports des années passées signalant de graves problèmes au monastère de Jvari, il est indiqué que le ministère géorgien de la Culture, de la Protection des monuments et des Sports et l'ICCROM ont lancé un projet commun (2005) de suivi, documentation et conservation du monastère de Jvari. Le rapport ajoute que le projet de l'ICCROM sera consacré dans une seconde phase à l'élaboration d'un plan de conservation du site et à la poursuite de la formation de spécialistes géorgiens. Le renforcement de la coopération avec le Conseil de l'Europe dans le cadre du programme régional « Initiative de Kyiv »en faveur de Jvari, est également évoqué. Enfin, le rapport mentionne un projet de documentation prévu pour 2007, avec l'appui de l’Association du patrimoine (Géorgie) et du World Monuments Fund. Il faut se féliciter de cette approche intégrée à laquelle participent de multiples acteurs pour résoudre les problèmes du monastère de Jvari.