Depuis son inscription sur la Liste du patrimoine mondial, la conservation de l'ancienne ville de Damas n'a jamais été abordée dans le cadre d'une étude générale et aucune action de conservation globale n'a été entreprise. Il semble urgent de souligner que l'état de conservation du bien est très mauvais. Si les monuments et immeubles principaux sont plus ou moins bien conservés, le tissu urbain s'est considérablement détérioré depuis l'inscription de l'ancienne ville de Damas sur la Liste du patrimoine mondial.
Plusieurs monuments isolés ont été restaurés ou sont en cours de restauration, cependant des techniques de restauration inadéquates sont souvent utilisées au sein du bien: par exemple, sur le monument ayyubide al-Madrassa al-Adliyeh (7e siècle ap. JC) les pierres de taille de l'époque ayyubide ont été en partie coupées et recouvertes de pierres taillées mécaniquement sur de grandes parties du monument. Cette technique avait déjà été utilisée dans le périmètre romain de la Grande Mosquée des Omeyyades et son usage a été interrompu suite à des recommandations de l'UNESCO en 1997. Pour les propriétés privées et en général pour tous les bâtiments historiques, les reconstructions en ciment sont autorisées à condition qu'elles reproduisent les formes d'origine, l'utilisation des techniques anciennes avec des structures en bois et des briques de terre crue n'étant pas obligatoire.
Par ailleurs, deux faits récents fort inquiétants à l'intérieur du bien ont eu lieu sans que le Centre du patrimoine mondial en ait été informé: dans deux emplacements des immeubles d'habitations ont été détruits pour permettre de nouvelles constructions, l'un mitoyen de la Mosquée Sitt Ruqiyah et l'autre le long de la rue Medhat Pasha (l'ancienne voie romaine, le cardo)
En outre, bien qu'une mission du Centre du patrimoine mondial en 2001 ait défini, en accord avec la Direction Générale des Antiquités et des Musées, une zone tampon, l'Etat partie n'a toujours pas remis au Secrétariat du Patrimoine mondial une carte faisant état de cette zone.
Cependant, en 2006, l'Etat partie a pris une mesure positive: le Ministère de l'Administration Locale et de l'Environnement a rédigé un "Plan d'action de conservation" qu'il a soumis, en Arabe, au Centre du patrimoine mondial. Ce plan, qui doit encore être approuvé par plusieurs entités gouvernementales avant d'être mis en œuvre, fournit une analyse globale des problèmes de conservation du bien et établit une liste de mesures correctives au niveau urbain. Même si ce plan doit être modifié dans certains domaines, principalement en annulant l'idée d'une route périphérique autour des murs de la ville et en actualisant les règles de construction et les clauses techniques des travaux de restauration, sa mise en œuvre peut contribuer à une amélioration notable de l'état sanitaire du bien.
Dans le cadre de la mise en œuvre du plan d'action proposé, tous les équipements d'infrastructure au sein du bien seront enterrés. Aussi, tout travail d’excavation prévu devra être contrôlé par des archéologues compétents et vigilants, puisque ces excavations se dérouleront sur un terrain archéologique de valeur, riche en témoignages et qui fait partie intégrante de la valeur du bien.
Lors d'une récente mission du Centre du patrimoine mondial en Syrie (janvier 2007), le Gouverneur de Damas a tenu le Centre d'un projet de grande envergure, qui comprend la zone Malik Faisal, tangente de la partie Nord des murs de la ville. Le projet prévoit de détruire toute la zone, notamment de grandes parties du tissu urbain historique inscrit sur l'inventaire national, et qui font partie de la zone tampon telle qu'approuvée par les autorités. Le projet prévoit aussi de « dégager » les constructions qui cachent les murs de la ville en les remplaçant par des jardins et de construire une nouvelle route de 32 mètres de large parallèle aux murs de la ville, recouvrant partiellement le rivière Barada qui coule dans cette zone.
Au cours de cette mission en janvier 2007 puis par lettre envoyée dès le retour de la mission, le Centre du patrimoine mondial a informé l'Etat partie de l'impact négatif que ce projet aurait sur le bien du Patrimoine mondial et de la nécessité de tenir informé le Comité du patrimoine mondial, conformément aux Orientations, avant la mise en chantier d'un tel projet. L'Etat partie a réagi, en mars 2007, en invitant le Centre du patrimoine mondial à conseiller des modifications au projet et à prendre part à la rencontre nationale sur le projet Malik Faisal, rencontre à laquelle toutes les parties concernées par le projet participeraient. En réponse à cette invitation, le Centre du patrimoine mondial a dépêché à Damas du 28 mars au 2 avril un grand expert en planification urbaine et un membre du Secrétariat. Les membres de cette mission ont conclu que le projet prévu dans le bien du Patrimoine mondial aurait des effets négatifs immédiats et tangibles sur les valeurs patrimoniale et historique du bien et un impact négatif aux niveaux humain, social, et économique. Par ailleurs, les membres de cette mission ont souligné le fait que les zones périphériques historiques concernées par le projet du Gouvernorat constituent manifestement une zone tampon naturelle du bien.
Le 23 avril 2007, le Centre du patrimoine mondial a communiqué ces conclusions par courrier à l'Etat partie, et a proposé d'assister la Direction syrienne des Antiquités et des Musées dans la conception et la mise en œuvre d'un projet alternatif pour la réhabilitation de la zone Malik Faisal, et ce, avant la fin de l'année 2008, date à laquelle Damas sera Capitale culturelle du monde arabe.
Au cours de la préparation de ce document, aucune réponse officielle de l’Etat partie n’a été reçue par le Centre du patrimoine mondial concernant la décision possible d’annuler le projet prévu dans la zone Malik Faisal. Une telle décision serait indispensable pour la protection de l’intégrité du bien du patrimoine mondial et favoriserait une coopération renforcée avec la Direction générale des antiquités et des musées dans le domaine de la réhabilitation urbaine.
